- 699
- 2023/04/26 - 09:21
- 22 بازدید
شرح فصل و نکات ویژه: در این فصل به Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی ای که در رابطه با ارائه مقالات، کتب و … فعالیت میکنند میپردازیم. مباحث این فصل کمک میکند تا بدانید نیازهای اولیه پژوهشی خود را در چه بانکهایی و به چه نحوی جستوجو کنید. Genome Warehouseها پایگاههایی هستند که دادههای ژنتیکی ارزشمندی را ارائه میدهند و تعدادی از مهمترین پایگاهها در این زمینه در این فصل معرفی میشوند. 92-فصل پنجم برای دریافت نسخه[…]
- شرح فصل و نکات ویژه:
- در این فصل به Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی ای که در رابطه با ارائه مقالات، کتب و … فعالیت میکنند میپردازیم.
- مباحث این فصل کمک میکند تا بدانید نیازهای اولیه پژوهشی خود را در چه بانکهایی و به چه نحوی جستوجو کنید.
- Genome Warehouseها پایگاههایی هستند که دادههای ژنتیکی ارزشمندی را ارائه میدهند و تعدادی از مهمترین پایگاهها در این زمینه در این فصل معرفی میشوند.
92-فصل پنجم
برای دریافت نسخه چاپی و به روز کتاب با انتشارات دکتر خلیلی تماس بگیرید. 02166568621
1-5 Genome Warehouse
پایگاههای مختلفی وجود دارند که حاوی دادههای ژنومیک میباشند که سه تا از بهترینها و کاملترین پایگاهها
Gene Entrez، UCSC و Ensemble میباشند که این پایگاهها را Genome Warehouse مینامند. Gene Entrez ضمن ذخيرهسازي انواع اطلاعات توليد شده در ارتباط با ژنومها با فراهم آوردن نرمافزار Mapviewer اجازه ميدهد اطلاعات ژنومي بسياری از موجودات را به طور گرافيكي و متني بازيابي نمود.
تصویر 1-5: جمعآوري اطلاعات متفاوت از منابع گوناگون و ارتباط دادن باهم با قابليت نمايش.
پایگاههای مختلفی به منظور نمایش دادههای زیستی ایجاد شده اند که کاربردهای مختلفی دارند همچون نمایش دادههای ژنوم،پروتئومم، ترنسکریپتوم، مقاله و… دارند در جدول 1-5 زیر با ماهیت برخی از آنها آشنا میشوید.
جدول 1-5: مثالی از دیتابیسهای مولکولی در علوم زیستی.
93-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
1-1-5 MapViewer
اين برنامه توسط NCBI از طريق آدرس www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview در دسترس است و امكانات زير را فراهم ميآورد:
1) نمايش كروموزوم و چندين نقشه به طور همزمان، 2) بزرگنمايي نقشه به صورت مرحله به مرحله از نقشه کرموزومي تا حد نشان دادن توالي و بالعكس، 3) انتخاب نقشههاي در حال نمايش، 4) جستوجو با كليد واژهها، 5) جستوجو با توالي و استفاده از نرمافزارهاي BLAST، 6) ارتباط با ساير پايگاههاي اطلاعاتي ديگر مربوط.
جستوجو در MapViewer
تصویر زیر صفحه اصلی این پایگاه را نشان میدهد. در این صفحه اطلاعات ژنومی موجودات مختلف قابل دسترسی است. کاربر میتواند نام موجود مورد نظر را در لیست پیدا کند و یا آن را از طریق جستوجوگر، جستوجو کند.
تصویر 2-5: نمایی از صفحه اصلی Map viewer.
برای باز کردن صفحه جستوجوی BLAST جاندار مورد نظر برروی علامت B باید کلیک شود و همچنین برای مشاهده صفحه منابع اطلاعات ژنومی موجود مورد نظر میتوایم روی علامتG کلیک کنیم و همینطور برای باز کردن صفحه جستوجودر کروموزومهای روی علامت ذره بین مشخص شده است میتوان کلیک کرد و بعد از باز شدن صفحه اطلاعات، تصویری از کل کروموزومها مشخص میشود که میتوان با کلیک بر روی هر کدام از کروموزومها اطلاعات مربوط به آن کروموزوم را مشاهده کرد. در صفحه مربوط به اطلاعات کروموزمها میتوان از طریق کادر بالای صفحه جستوجو برای ژنهای خاصی را انجام داد تا اطلاعاتی در رابطه با محل قرارگیری ژنها در کروموزومها پیدا کنیم پس از وارد کردن کلید واژه مورد نظر در محل مناسب و کلیک بر روی find جستوجو انجام شده و نتیجه به شکل خطوط كوتاه قرمز رنگ و اعداد قرمز زير هر كروموزوم نمایش داده میشود و مكانهاي يافت شده توسط كليد واژه را نشان ميدهد. بعد از وارد شدن به صفحه هر یک از کروموزومها قادر هستید اطلاعات مربوط به مکان ژنی یا map element، نوع توالی گزارش شده (EST یا رونوشت و…) و نیز موقعیت هر یافته روی کرموزومها را پیدا کنید. با کلیک بر روی گزینههای متفاوت که روبروی محلهای مختلف در کروموزوم مشخص شدهاند میتوان به سایر بانکهای سایت NCBI وارد شد برای مثال میتوان وارد پایگاه Gene Entrez شد و اطلاعات ژنی محل مورد نظر را به صورت دقیقتر بررسی کرد.
انواع خروجيهاي برنامه MapViewer
94-فصل پنجم
Genome view یکی از خروجیهای این برنامه میباشد که در این بخش كروموزوم و نقشههاي متعددي باضافه نقاط ارتباط با توالي و … ديده ميشود. در تصویر زیر نمایی از کروموزوم 22 نمایش داده شده است که کاربر میتواند با زوم بیشتر جزئیات این کروموزوم را دقیقتر بررسی کند.
تصویر 3-5: نمایی از کروموزوم شماره 22 در پایگاه Map viewer.
در خط جلوی هر قسمت از کروموزوم کلید واژههایی وجود دارد که با کلیک بر روی sv صفحه ای باز میشود که به طور گرافيكي توالي انتخاب شده و مناطق اطراف آن را نمايش ميدهد که نام این خروجی Sequence viewer میباشد. در بالاي اين صفحه نمايشي كلي، در سطوح بزرگنمايي مختلف براي منطقه مورد نظر و در پايين صفحه توالي نوكلئوتيدي و پروتئيني براي ژن انتخابی نشان داده ميشود. خطوط گرافيكي در ذيل تواليها مناطق رونويسي شده، اگزونها و اينترونها و حروف توالي اسيد آمينهاي در مناطق رمز كننده را نشان ميدهند. دكمههايي نيز براي جلو و عقب بردن توالي در حال نمايش تعبيه شده است.
تصویر 4-5: نمایی از بخش Sequence viewer در پایگاه Map viewer.
در این صفحه نمايش كلي از منطقه اطراف ژن مورد نظر كه در آن منطقه انتخابي بزرگنمايي شده وجود دارد. در پايين صفحه توالي نوكلئوتيدي و اسيد آمينهاي بهعلاوه مناطق رونويسي شده شامل اگزونها (خطوط ضخيم) و اينترون (خطوط نازك) نمايش داده ميشود.
95-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
همانند قسمت قبل در جلوی طرح گرافیکی کروموزوم با کلیک بر روی گزینه ev صفحه Evidence viewer باز میشود. همانطور كه در شكل زیر ديده ميشود، اين صفحه جدولي از منطقه قابل رونويسي و اطلاعات مربوط به آن ژن به خصوص تواليهاي اگزوني واينتروني را نشان ميدهد. اهميت اين صفحه آن است كه امكان ارتباط با دادههاي ديگر اين بانك و يا بانكهاي ديگر را به راحتي در اختيار كاربر ميگذارد.
تصویر 5-5: نمایی از بخش Evidence viewer در پایگاه Map viewer.
2-1 -5 پایگاه ژنومیEnsemble
Ensembl در زمینه موجودات مختلف فعالیت میکند و از جمله مهمترین موجوداتی که این پایگاه بر آنها تمرکز دارد مهره داران هستند که برای ورود به پایگاه ژنومی مهره داران میتوان از آدرس www.ensembl.org استفاده کرد. برای دسترسی به اطلاعات سایر موجودات همچون باکتریها، قارچها، گیاهان، ویروسها و غیره میتوان از آدرس www.ensemblgenomes.org مراجعه کرد. شکل زیر صفحه اصلی پایگاه مهره داران را نشان میدهد.
پروژه Ensemble مشترک بین EMBL-EBI و انستیتوی سانگر است. علاوه بر ابزار لازم براي دسترسي به اطلاعات پروژههاي ژنوم، در این پايگاه نرم افزاری وجود دارد که به وسیله آن میتوان اطلاعات ژنومهای مورد نظر با یکدیگر مقایسه کرد. ابزارهای مختلفی برای کاربر در این پایگاه وجود دارد از جمله جستوجوی با استفاده از توالی و BioMart که اطلاعات موجود در این پایگاه را به صورت جدول و متن نمایش میدهد.
96-فصل پنجم
تصویر 6-5: نمایی از صفحه اصلی پایگاه Ensemble.
با روشهای مختلفی میتوان در این پایگاه جستوجو کرد که یکی از متداولترین روشها از کادر جستوجو میباشد که میتوانید نام ژن و یا پروتئین و یا نام جانور را جستوجو کنید. و یا اگر روی تصویر موجود مورد نظر در صفحه اصلی کلیک کنید صفحه زیر برای شما باز خواهد شد و در آن اطلاعات مفیدی در مورد ژنوم موجود مورد نظر به شما میدهد.
تصویر 7-5: نمایی از صفحه Human در پایگاه Ensemble.
97-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
کاربر میتواند در هر کدام از صفحههای این پایگاه نام ژن مورد نظر خود را جستوجو کند و به صفحهای به شکل زیر خواهد رسید همانطور که در تصویر مشاهده میکنید ترنسکریپتهای مختلف ژن بهصورت جدول و همچنین ترنسکریپتهای رشته Forward و رشته Revers بهصورت گرافیکی نمایش داده میشوند.
تصویر 8-5: در تصویر فوق ترنسکریپتهای مختلف یک ژن و همچنین رشته Forwardو Revers نمایش داده شده است.
هنگامی که در صفحه ترنسکریپتهای یک ژن قرار دارید میتوانید از منوی سمت چپ با کلیک بر روی گزینه sequence توالی نوکلئوتیدی ژن را مشاهده کرد. این پایگاه در بالای جدول سمت چپ صفحه شماره ورژن ژنوم جانور مورد نظر را نمایش میدهد.
تصویر 9-5: دسترسی به بخش Sequence.
98-فصل پنجم
در صفحه sequence توالیها به سه رنگ قابل مشاهده هستند. توالیهای سیاه رنگ با پسزمینه سفید توالی اینترونی و یا توالیهای بالادست و پایین دست ژن هستند. توالیهای قهوه ای رنگ با پس زمینه بژ(نخودی رنگ) مناطق اگزونی هستند و همچنین توالیهای سیاه رنگ با پس زمینه بژ توالی اگزونی ژنهایی هستند که با ژن مورد جستوجوی ما Overlapp دارند.
تصویر 10-5: نمایش متفاوت اینترونها و اگزونها در پایگاه Ensemble.
اگر با کلیک روز گزینه FASTA توالی را با این فرمت ببینید نحوه نمایش مشخصات توالی متفاوت از حالت قبلی خواهد بود که در تصویر زیر اطلاعات توالی نمایش داده شده است.
تصویر 11-5: نمایش مشخصات توالی با فرمت FASTA.
ensembl در زمینه نمایش Variationها پایگاه بسیار مفیدی میباشد. زمای که در صفحه sequence هستید میتوانید در سمت چپ صفحه بر روی گزینه Display options کلیک کنید و نمایش Variationها را فعال کنید. نحوه فعال کردن این بخش در تصویر زیر نمایش داده شده است.
99-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
تصویر 12-5: نحوه فعال کردن نمایش Variationها.
بعد از انجام تنظیمات ذکر شده در تصویر بالا و کلیک بر روی علامت “تیک (در تصویر 12-5 با فلش مشخص شده است)” توالی ژن مجددا بارگزاری میشود و اینبار در بخشهایی از توالی نوکلئوتیدهایی را مشاهده خواهید کرد که با رنگهای مختلف مشخص شده اند. با کلیک بر روی هر کدام از نوکلئوتیدها اطلاعات مختصری در مورد آن Variation در اختیار کاربر قرار میگیرد.
تصویر 13-5: نمایش اطلاعات Variationها.
برای مشاهده اطلاعات بیشتر در رابطه با هر کدام از Variationها با کلیک بر روی کد مربوط به هر Variation که در تصویر بالا نمایش داده شده است صفحه ای باز میشود که اطلاعات مفیدی همچون ارتباط این Variation با فنوتیپ خاص و یا فراوانی این Variation در جمعیتهای مختلف را نمایش میدهد که در تصویر زیر صفحه مربوط به یکی از Variationها را مشاهده میکنید.
تصویر 14-5: مشاهده اطلاعات بیشتر در رابطه با هر کدام از Variationها.
100-فصل پنجم
3-1-5 پایگاه ژنومی UCSC
در اين پايگاه ژنوم موجودات مختلف مانند انسان، موش و غیره و همچنین اطلاعات موجود در آنها از سطح كروموزوم تا ژن قابل بازيابي است. این پایگاه از طریق آدرس www.genome.ucsc.edu قابل دسترسی است.
تصویر 15-5: نمایی از پایگاه UCSC.
کاربران میتوانند از طریق کادر جستوجو یک ناحیه و یا عنوان یک ژن خاص را در موجود موردنظرشان جستوجو کنند، تصویر زیر نتیجه یک جستوجو میباشد.
تصویر 16-5: نتیجه یک جستوجو در پایگاه UCSC.
101-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
همانطور که در تصویر مشخص است این پایگاه ابتدا تصویر کلی از کروموزوم را ارائه میدهد و نقطه ای که ژن در آن قرار دارد را با خطی قرمز رنگ مشخص میکند. در زیر تصویر کروموزوم اطلاعات مختلفی همچون شماره توالیهای کروموزوم، ترنسکریپتها، ESTها، Variationها و موارد مفید دیگر نمایش داده میشود. در قسمت پایین صفحه نمایش ژنوم بخشهای فراوانی وجود دارد که کاربر میتواند با فعال کردن هرکدام از آنها یک ردیف افقی اطلاعات جدید به توالی ژنوم مورد جستوجواش اضافه کند که بخش از موارد ذکر شده را در زیر میبینید.
تصویر 17-5: امکانات بیشتر در پایگاه UCSC برای بررسی موارد متفاوت در ژنوم.
همانطور که در تصور بالا میبینید کاربر میتواند اطلاعات مختلفی را به ژنوم اضافه کند و بررسی دقیقتری را انجام دهد، اطلاعاتی همچون فنوتیپها، اطلاعات بیان ژن،نقشه ژنتیکی و غیره.
4-1-5 مقایسه ژنومی
تاکنون توالی ژنومی تعداد زیادی از موجودات مختلف مورد توالییابی قرار گرفته و منتشر شده. بهطور خلاصه، يكي از محلهاي اصلي ذخيرهسازي دادههاي ژنومي (عمدتا به صورت خام) GenBank است. پس از آن دادههاي هر ژنوم به طور مجزا در پايگاه Genome ذخيره ميشود كه شامل پروژههاي ژنوم اختتام يافته و اختتام نيافته است. زمانی كه يك پروژه ژنوم خاتمه يافت (يا نزديك به اختتام بود)، در پايگاه MapViewer قابليت مشاهده به آن ميبخشند. در واقع، پايگاه Genome نقطه ارتباطي بين اين پايگاههاي اطلاعاتي ژنومي است. پایگاه Genome از طریق لینک کشویی بالای صفحه سایت NCBI قابل دسترسی است.
102-فصل پنجم
تصویر 18-5: نمایی از صفحه اول پایگاه Genome.
با در اختيار داشتن اطلاعات ژنومهاي مختلف، میتوان نسبت به مقايسه آنها اقدام نمود. بررسی توالی ژنومی موجودات مختلف نشان داده است که توالیهای موجود از نظر اندازه، محتوای GC، coding usage، ترکیب آمینو اسیدی، سازماندهی ژنومی (حلقوی بودن، خطی بودن عناصر خارج کروموزومی) تفاوت دارند.
مقایسه بین ژنومها به ما کمک میکند که به سوالات زیر پاسخ دهیم:
چه میزان شباهت و تفاوت بین ژنوم موجودات مختلف وجود دارد؟
چرا یک عامل بیماریزا در یک موجود منجر به بروز بیماری میشود و در موجود دیگر بیماریزایی ندارد؟
چگونه دو موجود با همدیگر ميانكنش میدهند و همدیگر را مورد شناسایی قرار میدهند؟
چگونه براین اساس دارو بر علیه عوامل بیماریزا طراحی و مورد بهره برداری قرار میگیرد؟
مقایسه بین ژنومها در سطوح مختلف انجام میشود، مثلا نژادهای یک گونه و یا مقایسه گونههای نزدیک و همچنین مقایسه گونههای دور از هم. مسئله دیگر این است که ژنومها در چه مقیاسی با یکدیگر مورد مقایسه قرار میگیرند؟ که در این رابطه باید گفت بر اساس وسعت حوزه کار، دو ژنوم بر اساس موارد مختلفی با یکدیگر مقایسه میشوند مثل تعداد ژن، محتوالی توالی ژنومی،ترتیب قرار گرفتن ژنها، موقعیت ژنها روی کروموزوم،خوشهبندی ژنها (معمولا ژنهایی که بخشی از یک مسیر متابولیکی هستند به صورت گروهی روی ژنوم قرار میگیرند)، ترتیب قرار گرفتن بخشهای ژنومی یا ترتیب قرار گرفتن گروههای ژنی در ژنومهای مختلف که Synteny (به بخشهایی از دو ژنوم که شباهتهای قابل ملاحظهای از نظر توالی و ترتیب قرار گیری ژنها یا همان آرايش ژني دارد اطلاق میشود) نامیده میشود، جابجاییهای بخشهای ژنومی، مقایسه ژنومها بر اساس مقایسه بخشهای رمز کننده ژنومها، ترتیب ژنها و اهمیت آن در مقایسه بین ژنومها با هم (در گونههای بسیار نزدیک ترتیب ژنها بسیار حفاظت شده است اما بازآرایی rearrangement، این ترتیب را تغییر میدهد) هر چه فاصله تکاملی بیشتر میشود هماهنگی بین ترتیب ژنهای ارتولوگ از بین میرود. در پروكايوتها، معمولا گروههای ژنی که دارای عملکرد بیوشیمیایی مشابهی هستند در روی یک مکان ژنومی قرار دارند. برای مثال ژنهای مورد نیاز برای سنتز تریپتوفان در E.coli و سایر پروکاریوتها در یک اپرون قرار دارند.
به منظور مقایسه کروموزومها در سیتوژنتیک از روشهای FISHو CGH استفاده میشود که پایگاهی تحت عنوان
SKY/M-FISH &CGH Database در سایت NCBI وجود دارد که مخزنی از دادههای مربوط به روشهای مولکولی سیتوژنتیکی مکمل فلورسنت هست ونمایش شبیهسازی هر کروموزوم انسان یا موش را در رنگهای مختلف ممکن خواهد کرد و همچنین شناسایی نواقص کروموزومی را تسهیل میکند. امروزه با گسترش روش aCGH دیگر خیلی کمتر از روش CGH استفاده میشود اما روش FISH به علت ارزانتر بودن و دلایل فنی و تجهیزاتی که باعث شده است برای آزمایشگاهها به صرفهتر باشد هنوز هم روش پر استفاده ای است. روش aCGH بر اساس میکرواری بر کلونهای BAC یا Oligo استوار است و قابلیت بررسی تمام 24 کروموزوم را در یک تست دارد و از محدودیتهای این روش عدم شناسایی جابجاییهای متعادل کروموزومی میباشد.
103-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
آزمایشگاهها به صرفهتر باشد هنوز هم روش پر استفاده ای است. روش aCGH بر اساس میکرواری بر کلونهای BAC یا Oligo استوار است و قابلیت بررسی تمام 24 کروموزوم را در یک تست دارد و از محدودیتهای این روش عدم شناسایی جابجاییهای متعادل کروموزومی میباشد.
2-5 بانکهای اطلاعاتی منابع
جستوجوی مقالات و کلید واژههای تخصصی و یا جستوجو در کتابها نیازهای مداوم پژوهشگران میباشد. به این منظور بانکهای زیادی در زمینههای ذکر شده در اینترنت در دسترس میباشد. پایگاه NCBI شامل چندین بانک در زمینه مقالات، کتابهای حوزه پزشکی و بانک اطلاعات در مورد بیماریها میباشد که در ادامه برخی از آنها شرح داده میشوند. یکی از نیازهای دیگر محققین بررسی ارتباط کلید واژههای مختلف حوزه پزشکی و زیست شناسی میباشد که در این زمینه پایگاهی به نام Coremine وجود دارد که در انتهای این فصل شرح داده شده است.
تكنيكهاي جستوجو
فرض كنيد كه بخواهيد درباره ژن DCC تحقيق نماييد. ما علاقهمند به مقالاتي هستيم كه نويسنده آن Bert Vogelstein است. اين محقق در اين زمينه، مقالات متعددي دارد. چنين جستوجوي بايد با استفاده از operator و qualifier، به صورت مناسبي محدود گردد. اين operatorها و qualifier با قرار گرفتن در كنار كلمات كليدي جستوجو، عبارتي را تشكيل ميدهند كه به صورت زير است:
DCC AND “Vogelstein” [AU]
عبارت [AU] بعد از نام نويسنده، به موتور جستوجوی NCBI ( Enterz) ميگويد كه اين عبارت نام يك نويسندهAuthor)) است و Enterz هنگام ارزيابي عبارت قرار گرفته در گيومه، تنها بايد فيلد نويسندهها را در نظر بگيريد. به اين عبارتها كه درون كروشه قرار گرفته و جستوجو را محدودتر و سريع تر مینمايد qualifier میگويند. تعدادي از اين qualifierها با معني آنها در زير فهرست شده است. آنها را بعد از عبارتهاي خود در جستوجو استفاده نماييد.
به عنوان مثال اگر بخواهيد جستوجوي مثال بالا را چنان محدود نماييد كه تحقيق در موسسه Johns Hopkins صورت گرفته باشد و ارگانيسم مورد توجه ما انسان باشد، به صورت زير از qualifier استفاده نماييد:
DCC AND “Vogelstein B” AND “Johns Hopkins”[AD] AND Human [ORGN]
توجه نماييد كه در بين فيلدهاي جستوجو از عبارت AND استفاده كرده ايم. به اين عبارتها operator میگويند. سه نوع operator وجود دارد كه در زير معني هر كدام را مشاهده مینماييد:
AND هر دو عبارت موجود در سمت راست و چپ AND، در مقاله وجود داشته باشد.
OR كافي است يكي از دو عبارت سمت چپ يا راست OR در مقاله وجود داشته باشد.
NOT عبارت سمت راست NOT در مقاله وجود نداشته باشد.
اكنون كه مفهوم operatorها و qualifierها را متوجه شدید به جستوجو میپردازیم و عملا آن را تجربه میكنيم. صفحه اصلي NCBI را مطابق شكل زیر باز نماييد و عبارت جستوجوي:
DCC AND “Vogelstein” [AU]
را در كادر جلوي Search تايپ، و دكمه Search را كليك نماييد.
104-فصل پنجم
تصویر 19-5:جستوجو در کل بانکهای پایگاه NCBI.
بعد از كليك بر روي دكمه Search میتوانيد نتيجه كار خود را در شكل زیر مشاهده كنيد:
تصویر 20-5: نمایش نتیجه جستوجو در کل بانکهای پایگاه NCBI.
موتور جستوجوي Entrez يك جستوجو بر روي تمام پايگاههاي دادهي زير نظر خود انجام میدهد و تعداد ركوردهاي يافت شده در هر پايگاه را سمت چپ نام آن پايگاه نمايش میدهد. مثلا تعداد 14 ركورد در پايگاه داده PubMed يافت شده است كه در تصوير بالا مشاهده ميكنيد. براي مشاهده اين ركوردها بر روي عدد سمت چپ اين بانك كليك نماييد. اگر تعداد ركوردهاي يافت شده در اين قسمت بسيار زياد باشد میتوانيد جستوجو را با اضافه كردن كلمات كليدي بيش تري محدودتر كنيد.
در تصویر بالا با کلیک بر روی PubMed که بانک مقالات موجود در سایت NCBI میباشد باز میشود و شما میتوانید 14 مقاله ای که در حین جستوجو یافته اید را مشاهده کنید.
105-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
تصویر 21-5: نمایش لیست جستوجو شده در بانک PubMed.
با کلیک بر روی هر مقاله چکیده مقاله،نام نویسندگان و سایر اطلاعات به شما نمایش داده میشود.
تصویر 22-5: یک نمونه رکورد از PubMed.
جستوجو در يك بانك اطلاعاتي خاص
علاوه بر جستوجوي همزمان همه بانكها میتوان يك بانك اطلاعاتي خاص را مورد جستوجو قرار داد. در صفحه اصلي NCBI از منوي كشويي Search، بانك اطلاعاتي مورد نظر خود را انتخاب، و سپس عبارت جستوجوي خود را در كادر جلوي for تايپ كنيد و بر روي دكمه Search كليك نماييد.
106-فصل پنجم
تصویر 23-5: لیست بانکهای پایگاه NCBI که از ظریق منوی کشویی بالای صفحه در دسترس هستند.
در شكل صفحه قبل، ليست بانكهاي اطلاعاتي ارايه شده توسط NCBI را مشاهده مینماييد. در اين كتاب بانكهاي مهم مانند PubMed،Nucleotide،Books،Journals، MeSH،PMC و Structure را مورد بررسي قرار میدهيم. اگر از منوي Search گزينه All Database را انتخاب و سپس عبارت جستوجوي خود را در كادر for تايپ نماييد و بر دكمه Search كليك كنيد، نتيجه جستوجو همانند نتيجه ارايه شده در نمونه قبلی است كه Entrez همه بانكها را همزمان جستوجو ميكند. شما با توجه به نياز خود در تحقيقهايتان ميتوانيد يك پايگاه داده را به تنهايي جستوجو كنيد يا اين كه از موتور جستوجوي هر بانك را به صورت اختصاصي مورد بررسي قرار خواهيم داد.
1-2-5 بانك واژگان
در اين مبحث به بررسي يكی از بانكهاي اطلاعاتي کاربردی NCBI ميپردازيم. اين بانك يك فرهنگ لغت است كه جهت فهرست كردن مقالات MEDLINE از آن استفاده ميشود. اگر كلمهاي را در اين بانك جستوجو كنيد معني و مفهوم آن را براي شما نمايش ميدهد. در اين بانك ميتوانيد معادل تخصصي واژههاي علمي را نيز بياييد. علاوه بر اين، كلماتي در رابطه با موضوع مورد نظرتان براي شما ميبايد كه با آنها ميتوانيد در PubMed جستوجوي بهتري داشته باشيد.
جستوجو در بانك Mesh
جهت آشنايي با اين بانك مهم كلماتي را به عنوان نمونه جستوجو ميكنيم. در صفحه اصلي NCBI پايگاه داده Mesh را از منوي Search مطابق آن چه در قبل گفته شد، انتخاب كنيد. كلمه مورد نظر خود را در كادر جستوجو جلوي for تايپ، و دكمه Search را كليك نماييد.
مثالي را در نظر بگيريد كه به دنبال معادل تخصصي واژه «خونريزي از بيني» باشيم، دو كلمه را در كادر جستوجو تايپ ميكنيم و بعد از كليك بر دكمه Search نتيجه را در شكل زیر مشاهده مينماييم.
107-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
تصویر 24-5: یک نمونه رکورد از بانک Mesh.
اصطلاح پزشكي «خونريزي از بيني» Epistaxis است. نتيجه اين كه اگر اصطلاح پزشكي يا تخصصي مورد استفاده در مقالات، در ارتباط با موضوع خاصي را نميتوانيد با كلمات مشابه سادهاي در اين بانك جستوجو نماييد و بعد از يافتن واژههاي مناسب معادل، برای جستوجو به PubMed برويد. در اين مثال ما در ابتدا با كلمه Epistaxis كه به اصطلاح پزشكي خونريزي از بيني است آشنا نبوديم و با استفاده از كلمات سادهِي Nose و Bleeds توانستيم به آن دست يابيم. اگر كلمات ساده شما چندان مناسب نبود نگران نباشيد چون اين بانك كلمات مناسبي را به شما پيشنهاد ميدهد كه در قسمت Suggestions در بالاي منوي Display مشاهده مينماييد.
2-2-5 پايگاه داده مقالات تمام متن
يكي ديگر از بانكهاي مهم و پرطرفدار NCBI، پايگاه داده PMC (PubMed Central) است كه در اين فصل مورد بررسي قرار ميگيرد. مقالاتي كه ناشرين اجازه ميدهند متن كامل مقاله يعني full text به صورت رايگان در اختيار محققين قرار گيرد در اين پايگاه داده به ثبت ميرسد. جهت استفاده از اين پايگاه همان طور كه قبلا گفته شد ميتوانيد از منوي Search در صفحه اصلي NCBI اين بانك را انتخاب و جستوجوي خود انجام دهيد.
تصویر 25-5: نمایش صفحه اول بانک PMC.
108-فصل پنجم
از منوي Search گزينه PMC را انتخاب و دكمه search را كليك نماييد تا صفحهي اصلي اين پايگاه داده، مطابق شكل بالا به شما نشان داده شود. به لوگوي اين بانك كه در بالاي صفحه قرار گرفته توجه نماييد كه تأييد ورود به اين بانك است.
جستوجو به دنبال مقالات Full Text
عبارت جستوجويي را كه در قسمت قبل به طور مفصل در مورد آن صحبت كرديم و آن را در پايگاه داده PubMed به كار گرفتيم مجددا در اين قسمت استفاده ميكنيم. اكنون كه در صفحه اصلي PMC قرار گرفتهايد عبارت جستوجوي
[AU] “Vogelstein B” DCC AND را در search box جلوي for تايپ كنيد و دكمه Search را كليك نماييد. نتيجه جستوجو را در شكل زیر مشاهده ميكنيد. تعداد 8 مقاله يافت شده كه با شماره از هم جدا شدهاند.
تصویر 26-5: لیست جستوجو بانک PMC.
در مورد هر مقاله اطلاعاتي در اختيار شما قرار داده شده است كه به عنوان نمونه مقاله سوم را با يكديگر بررسي ميكنيم:
عنوان مقاله كه فونت آن Bold شده است (Digital Kariotyping).
نام نويسندگان مقاله كه “Vogelstein B” نيز يكي از آنها است.
Citation (نام مجله، شماره و صفحهاي كه مقاله در آن چاپ شده است).
كد يكتاي مقاله در بانك PMC با عنوان 138581: PMCID كه ميتوانيد براي دسترسيهاي بعدي خود به اين مقاله تنها اين كد را يادداشت نماييد و آن را به عنوان عبارت جستوجوي خود به كار بريد تا اختصاصا به اين مقاله دست يابيد.
چند لينك به رنگ آبي كه ميتوانيد از طريق آنها خلاصه مقاله (Abstract)، صفحات مقاله به صورت جدا جدا
(Page Browse) و متن كامل مقاله ( به صورت Full Text يا به صورت PDF) را دريافت نماييد. (در صورت نياز به توضيحات بيشتر و پي بردن به تفاوت PDF و صفحات وب به فصل PubMed مراجعه نماييد). در بالاي ليست مقالات، منوي Display و ابزارهاي ديگري چون show، sort by و sent to وجود دارد كه در فصل PubMed مفصل توضيح داده شده است. در صورت نياز به آن فصل مراجعه نماييد
3-2-5 BookShelf
دسترسی به کتابهای لاتین و مرجع همواره دغدغه بسیاری از محققین بوده است.گاهی تهیه این کتابها مشکل و گاهی نیز گران قیمت هستند. در این بخش نحوه دستیابی راحت و رایگان به بسیاری از کتابهای مرجع در زمینه زیست شناسی را به شما معرفی خواهیم کرد.
109-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
تصویر 27-5: نمایش صفحه اول بانک BookShelf.
با انجام یک جستوجو برای کلمه HIV نتیجه زیر را مشاهده خواهید کرد
تصویر 28-5: لیست جستوجو بانک BookShelf.
با کلیک بر روی هر کدام از لیست نتایج صفحه زیر باز میشود و اطلاعاتی که در رابطه با کلمه مورد جستوجوی ما در کتاب ارائه میدهد.
110-فصل پنجم
تصویر 29-5: یک نمونه رکورد BookShelf.
4-2-5 OMIM
پروژه وراثت مندلی در انسان یک بانک اطلاعاتی است که تمامی بیماریهای شناخته شده ژنتیکی که دارای توارث مندلی میباشند را طبقهبندی کرده و ژن مربوط به آن بیماری را مشخص کرده و اطلاعات را به صورت منبعی برای بررسیهای بعدی ژنتیکی ژن طبقهبندی شده فراهم ساخته.
تصویر 30-5: نمایش صفحه اول بانک OMIM.
هر بیماری ژنتیکی و یا ژن آن با یک عدد ۶ رقمی مشخص میشود که عدد اول نشان دهده الگوی توارث آن است. اگر یک بیماری با عدد یک شروع شود الگوی توارت آن اتوزومال غالب است. اگر این کد ستاره دار بود * یعنی الگوی توارث این بیماری شناخته شده است. اگر این کد دارای علامت # باشد، یعنی این فنوتیپ توسط دو یا چند ژن بوجود میآید.
111-Genome Warehouseها و بانکهای اطلاعاتی منابع
5-2-5 پایگاه Coremine
یکی از چالشها در بیوانفورماتیک که میتواند نیاز زیست شناسان را برطرف کند جستوجوی کلید واژههای مختلف بیولوژیکی و برقراری ارتباط بین آنها بر اساس اطلاعات موجود در مقالات میباشد. برای مثال یک محقق علاقه مند است بداند آیا پژوهشی در زمینه ارتباط یک پلیمورفیسم خاص با یک سرطان خاص انجام شده است و یا این که این پلیمورفیسم چه تاثیری در آن سرطان دارد و موارد این چنینی. پایگاهی تحت عنوان Coremine وجود دارد که این نیاز محققین را براورده میکند.
تصویر 32-5: نمایش صفحه اصلی Coremine در تصویر جستوجوی دو کلید واژه سرطان پستان و MIR21 را مشاهده میکنید.
پایگاه Coremine به آدرس www.Coremine.com پایگاهی است که یک شبکه بین کلید واژههای مختلف بیولوژیکی میسازد و محقق میتواند چندین کلید واژه را به صورت هم زمان مورد جستوجو و آنالیز قرار دهد. این پایگاه از طریق بررسی مقالات موجود در بانک خود شبکه ارتباطی بین کلید واژههای مختلف را میسازد.
112-فصل پنجم
تصویر 33-5: نمونه نتیجه جوستجوی پایگاه Coremine.
این پایگاه در خروجی اطلاعاتی خود دستهبندیهای متفاوتی برای نمایش نتیجه جستوجو ارائه میدهد که برخی از این دستهبندیها Biomedical experis، Disease، Drug، Food و غیره میباشد که با ورود به هر کدام از این گروهها اطلاعاتی را که مربوط به آن گروه میباشد را به پژوهشگر نمایش میدهد و بدین ترتیب پژوهشگر میتواند ارتباط بین چند کلید واژه را از جنبههای مختلف مطالعه کند.