همانطور که مقدار داده های بیولوژیکی افزایش می یابد، دامنه تکنیک های مدل سازی و تجزیه و تحلیل به کار گرفته شده در زیست شناسی سیستم ها نیز افزایش می یابد. در سال‌های اخیر، تعدادی از پیشرفت‌های نظری علم کامپیوتر، روش‌شناسی مدل‌سازی را قادر ساخته است که همگام شود. علاقه روزافزون به زیست‌شناسی سیستم‌ها در مدل‌های اجرایی و تجزیه و تحلیل آن‌ها، وام‌گیری از اصطلاحات و روش‌ها از علوم رایانه را ضروری کرده است، مانند formal analysis، model checking، static analysis و تأیید زمان اجرا runtime verification.

در این مقاله، مهم‌ترین و هیجان‌انگیزترین روش‌ها و ابزارهای محاسباتی مورد بحث قرار می‌گیرد.

Computational Modeling, Formal Analysis, and Tools for Systems Biology

در تصویر زیر مرتبط ترین نمونه های رویکردهای مدل سازی محاسباتی معرفی شده اند.

لیستی از ابزارهای مدل سازی و خصوصیات هر کدام را که در بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی کاربرد دارند را میتوانید در تصویر زیر ببینید