» دسته‌بندی نشده

طراحی و آنالیز شبکه در حوزه های مختلف علوم پر کاربرد میباشد و یکی از حوزه هایی که در آن شبکه ها کاربرد زیادی دارند زیست شناسی میباشد. این مقاله به رویکردهای تحقیقاتی در زمینه زیست شناسی شبکه میپردازد. این مقاله به صورت تخصصی به پنج حوزه میپردازد: area1:Inference and comparison of biological networks area2:Multimodal data integration and heterogeneous networks area3. Higher-order network analysis area4. Machine learning on networks area5. Network-based personalized medicine In more detail, we[…]

علم بیوانفورماتیک یکی از حوزه‌های میان رشته‌ای است که تمام دانشجویان، فارغ التحصیلان و فعالان حوزه زیست تحقیقاتی و دانش آموختگان علوم کامپیوتری و برنامه نویسی هم می‌توانند از آن بهره ببرند و یا در این حوزه ایفای نقش کنند. بیوانفورماتیک در واقعیت نقطه تلاقی بین دانش زیست‌شناسی و استفاده از داده‌ها، پایگاه‌های داده و کدنویسی است که موجب شناسایی بهتر و دقیق‌تر، پیشبینی فرآیندهای است که در سامانه‌های زیستی رخ می‌دهد. در نسخه اول نشریه علمی[…]

نسخه جدید کتاب بانک سوالات کنکور دکتری درس بیوانفورماتیک برای وزارت بهداشت و علوم چاپ شد سوالات سال 1387 الی 1403 تمامی سوالات کنکور دکتری وزارت بهداشت و وزارت علوم مربوط به درس بیوانفورماتیک در این کتاب جمع آوری شده و پاسخ تشریحی به تمام سوالات داده شده است. سوالات مربوط به سال 1387 الی 1403 میباشد. تمام سوالات درس بیوانفورماتیک رشته های “زیست پزشکی سامانه ای” و “زیست فناوری پزشکی” و “پروتئومیکس کاربردی” وزارت بهداشت و[…]

🔹🔹وب‌سایت Mordor Intelligence گزارش جامع و ارزشمندی از بازار بیوانفورماتیک و روند رشد آن در کشورهای مختلف منتشر کرده است. 🔹🔹 📈 بر اساس این گزارش، ارزش بازار خدمات بیوانفورماتیک در سال 2024 بالغ بر 16.36 میلیارد دلار برآورد شده است و پیش‌بینی می‌شود تا سال 2029 به 23.97 میلیارد دلار برسد. 🔍رشد سریع علوم پروتئومیکس و ژنومیکس و افزایش تقاضا برای توالی‌یابی اسید نوکلئیک و پروتئین، تحلیل داده و افزایش تحقیقات در زمینه زیست‌شناسی مولکولی و[…]

1-3R-programming-language-training-course-By-Babak-Babaabasi (2)R Data Structures: R’s basic data structures include the vector, list, matrix, data frame, and factors. Vectors A vector is simply a list of items that are of the same type. To combine the list of items to a vector, use the c() function and separate the items by a comma. In the example below, we create a vector variable called fruits, that combine strings: # Vector of strings fruits = c(“banana”, “apple”, “orange”) # Print[…]

R Notebook by: babak babaabasi R If … Else Conditions and If Statements   x = readline(prompt=”Enter an integer number: “) if(x>3) print(“Positive”) if(x<7) print(“negative”) Write the R script that take two integers as input and print out the larger number. A = as.numeric(readline(prompt=”Enter first numbera: “)) B = as.numeric(readline(prompt=”Enter second number: “)) if(A > B) print(A) if(B > A) print(B) x = as.integer(readline(prompt=”Enter an integer number: “)) if(x>0) print(“Positive”) else print(“Negative”) You can also run a[…]

R (programming language) training course. By:Babak Babaabasi (1)R Tutorial: Why Are There So Many Programming Languages? There are so many programming languages out there, and more are developed every few years. We have Python, JavaScript, PHP, C++, Ruby, Java, C#, and way too many more to list here. Here are some developer jobs and the main programming languages they use: Game developers use C++ or C# to make video games for PCs and consoles. Web developers use[…]

در این مقاله به صورت ساده به معرفی انواع شبکه های زیستی و فیچرهای مهم یک شبکه پرداخته است. از این جهت این مقاله مناسب میباشد که زبانی ساده دارد و برای کسانی که در آغاز راه یادگیری نتورکهای زیستی هستند میتواند کارگشا باشد. در ادامه مقاله به اهداف دارویی که توسط این روشها برای بیماری های وابسته به اعصاب صحبت کرده است.   برای دریافت مقاله اینجا را کلیک کنید. همچنین در ادامه تصاویری از دسته[…]

حدود 350 سال قبل از میلاد مسیح بود که ارسطو گفت “کل چیزی فراتر از جمع اجزا است” و گویا 2350 سال نیاز  بود تا بگذرد تا در دنیا بحث نگاه کل نگر به سیستم های زیسی داغ شود… امروزه سیستم بیولوژی سعی میکند با دو رویکرد “بالا به پایین” و “پایین به بالا” نگاهی سیستمی و کل نگر به سیستم های زیستی داشته باشد. نگاه کل نگر فقط به زیست شناسی محدود نمیشود بلکه در روانشاسی[…]

همردیفی گلوبال   الگوریتم نیدلمن وانچ (Needleman–Wunsch algorithm) یک همترازی سراسری بر دو ترتیب متوالی مانند A و B انجام می‌دهد. معمولاً در بیوانفورماتیک برای همترازی توالی‌های پروتئینی یا نوکلئوتیدی کاربرد دارد. این الگوریتم در سال ۱۹۷۰ توسط سول نیدلمن و کریستین وانچ ارائه شد. این الگوریتم نمونه‌ای از برنامه‌ریزی پویا است و اولین کاربرد برنامه‌ریزی پویا در مقایسهٔ توالی‌های زیستی است. این الگوریتم را می توان برای هرجفت رشته ای به کار برد. در راهنمای زیر[…]

به نظرم چت جی پی تی جواب خوبی به این سوال داد my question Bioinformatics and systems biology are same? ChatGPT No, bioinformatics and systems biology are not the same. While they are related and often overlap in their applications, they have distinct focuses and methodologies. Bioinformatics is a field that combines biology, computer science, and statistics to analyze and interpret biological data. It involves the development and application of computational methods, algorithms, and tools for managing,[…]

به نظرم چت جی پی تی جواب خوبی به این سوال داد my question computational biology and systems biology are same? ChatGPT answer Computational biology and systems biology are related fields but they have distinct focuses and approaches. Computational biology refers to the use of computational methods, algorithms, and tools to analyze biological data, model biological systems, and solve biological problems. It involves the application of computer science, mathematics, and statistics to understand biological processes and systems.[…]

یکی از دلهره آورترین تصمیماتی که برنامه نویسان هنگام گرفتن یک پروژه جدید می گیرند انتخاب زبان برنامه نویسی مناسب است. Python و R بدون شک در هنگام انتخاب یک زبان برنامه نویسی برای یک پروژه علم داده (Data Science )از بهترین گزینه ها هستند. با گذشت سالها ، R و Python بازخوردهای مثبت زیادی را از طرف توسعه دهندگان و کاربران برای انواع کارهای مدرن به دست آورده اند. اگرچه در زمینه های خاصی مانند رایگان و منبع باز بودن با هم مشابه هستند، اما هر دو ویژگی‌ها و امکانات منحصر به فرد خود را دارند. چند[…]

یادگیری الگوریتم شاید یکی از قسمتهای سخت در برنامه نویسی باشد کتاب درک الگوریتم با زبانی روان این موضوع را توضیح میدهد. مترجم اجازه انتشار این کتاب را در نت داده اند و ما از ایشان تشکر میکنیم. برای دانلود کتاب اینجا را کلیک کنید. برای مشاهده فیلم معرفی کتاب اینجا را کلیک کنید.

بعد از سالها کار در این زمینه و مطالعه باز هم گفتن این حرف کمی برام سخته اما میگم…. “اگر زیست شناس هستید در رشته بیوانفورماتیک تحصیل نکنید و در رشته سیستم بیولوژی تحصیل کنید” البته این صحبت من بیشتر در ایران و کشورهایی که سیستم آموزشی مثل ایران دارند مثل هند صدق میکنه که عنوان رشته و محتوای آموزشی سخت و کمتر انعطاف پذیری دارند. این گفته من بیشتر به بحث فلسفه و افق دید این[…]

از سال 85 که شروع به نوشتن در وبلاگ بیوانفورماتیک کردم و بعد از یکسال یعنی سال 86 که این سایت را راه انداختم فراز و نشیب های عجیبی را در زندگی پشت سر گذاشتم.این سایت نیز فراز و نشیب های زیادی را پشت سر گذاشته است. همواره در این سالها گوشه ای از فکرم متوجه تولید محتوی و اشتراک گذاری آن با همه بوده است. برای چندمین بار سایت از دسترس خارج شد و خیلی چیزها[…]

شرح فصل و نکات ویژه: در این فصل به پروتئومیکس و تجزیه و تحلیل داده‌های آن می‌پردازیم. ایمونوانفورماتیک مبحث جدید و جذابی می‌باشد که در این فصل به آن خواهیم پرداخت. از جدیدترین وقایع حوزه علوم زیستی انجام پروژه پروتئوم انسان می‌باشد که مراکز مختلفی از نقاط مختلف دنیا در آن همکاری می‌کنند، از جمله پژوهشگاه رویان از ایران که پروژه پروتئوم کروموزوم Y را بر عهده دارد. حیطه‌های کارکردی ایمونوانفورماتیک در ایمونولوژی در این فصل شرح[…]

شرح فصل و نکات ویژه: در این فصل به مبحث کلاسیفیکشن دمین‌های پروتئینی و کلاس‌بندی پروتئین‌ها می‌پردازیم. بانک‌های اطلاعاتی ثانویه از اطلاعات بانک‌های اطلاعاتی اولیه استفاده می‌کنند. کلاسیفیکیشن دمین‌های پروتئین مبحث جذاب و پرکاربردی می‌باشد. در پروژه‌های ژنوم به منظور تجزیه و تحلیل‌داده‌های NGS از مباحث این فصل استفاده می‌شود. 145-بانک‌های اطلاعاتی ثانویه (کلاسیفیکیشن دمین‌های پروتئینی)    برای دریافت نسخه چاپی و به روز کتاب با انتشارات دکتر خلیلی تماس بگیرید. 02166568621   براساس تعریف عمومی دمین[…]